此前被曝光存在“未批先建”等違法行為的海南省三亞新機場項目，其環境影響報告已遭國家海洋局否定。

2017年11月8日，國家海洋局辦公室回函環保組織自然之友稱，因該項目涉嫌違法用海，國家海洋局已暫停審查該項目用海預審申請。 

據《財新周刊》2017年6月報道，由海航集團興建的三亞新機場人工島填海項目，剛在國家海洋局官網公示、尚未完成審批，就已經在三亞紅塘灣海域開工?！按畋丬嚒鄙像R的三亞新機場臨空產業園旅游產業園（蓮花島）填海項目也在強勢推進，超過其一期工程獲批的面積建設，并且未按環評批復要求的方式填海。（參見2017年6月12日《財新周刊》文章《三亞新機場填海之患》）  

國家海洋局在上述回函中表示  

2017年4月，國家海洋局在收到三亞新機場人工島項目環境影響報告書后，依法進行了技術審查、公示、征求意見、聽證等審批程序，因報告書存在較多問題，國家海洋局于7月對報告書作出“不予批準”的決定。

此外，三亞臨空產業園（蓮花島）一期填海工程為海南省審批的項目，不屬于國家海洋局受理范圍。

自然之友環境公益訴訟項目負責人葛楓向財新記者介紹，他們從三亞市海洋漁業局網站發現，規劃總面積418公頃的蓮花島被劃分成了多個填海面積小于50公頃的小項目報批，也就是國家明令禁止的“化整為零”，“國家海洋局的此次回復也側面印證了這一點。”  

依據《海域使用管理法》，超過50公頃的填海項目，必須上報國家海洋局和國家發改委審批；50公頃以下的項目，則由省級政府審批。為規避國家審批，很多地方將圍填海規劃“化整為零”，把一個填海項目分解為若干個不同名目的工程，分次在省級審批。  

國家海洋局還表示，經有關部門核查，對三亞新機場相關項目共查處違法案件9起，辦結4起，其余案件正在辦理中，三亞新機場填海工程項目已于7月25日全面停工。  

該項目總投資1088億元，占地約25平方公里，屬特大型填海海洋工程，所在的位置又毗鄰三亞珊瑚礁國家級自然保護區，項目所在灣區本身也生長著大量珍貴珊瑚，同時也是國家一級保護動物中華白海豚繁育、覓食的場所，一直受到相關專業人士的高度關注。 

 
在《財新周刊》報道發表后，海南省省長沈曉明和常務副省長毛超峰均對報道作出批示，三亞新機場填海的違法違規行為也受到了各級海洋部門的重視。8月16日，財新記者在海南省三亞市紅塘灣新機場填海現場看到，海洋局已用鐵門將進入填海區域的棧橋封鎖，門上掛有“監管區域閑人免進”的標志牌。據介紹，自2017年7月起，新機場填海工程已全面停止施工，施工工程船已全部撤離，現場已無施工作業情況。 

 
海南省海洋與漁業廳8月15日在官網稱，三亞紅塘灣海域圍填海存在違法違規占用海域、未批先建等情況，截至7月11日三亞紅塘灣涉及違法用海面積99.12公頃，其中填海89.26公頃；非透水性構筑物7.92公頃，透水構筑物1.94公頃。2016年以來，海南省各級海監機構對三亞紅塘灣海域違法填海行為和違法采砂行為立案25宗。  

據國家海洋督察組于9月6日通報，針對三亞市新機場違規填海問題，已經約談了項目業主，要求其全面停工，接受處罰。海監執法部門已立案查處8起違法行為，3宗已繳納罰款；5宗正在調查處理。現場依法設立動態監管、海洋環境工作站、海監工作站，每天派出人員監管、現場監測。